中心成立于2013年6月，由華中師範大學牽頭，與湖北省人民政府研究室、永利、中國電信股份有限公司湖北分公司協同共建。永利作為協同單位于2013年對應成立“永利信息化與基礎教育均衡發展協同創新中心”，并獲得科研經費150萬元。

中心自成立來，立足湖北，建成了19個縣域實驗區，并将湖北經驗逐步輻射到全國，建成了全國9個省20多個縣域推廣區。中心研究團隊率先提出了非線性學習理論、雙軌教學論、教育技術價值論等數字時代的創新教育理論，并得到學界廣泛認可；提出了雙軌鄉村數字學校、有組織MOOC模式等信息化促進教育均衡發展的四種有效模式；創新了同步互動混合課堂、同步互動專遞課堂、基于系統化數字資源的多媒體課堂等教學結構。

2019年9月11日教育部網站公布的2019年度省部共建協同創新中心名單中，“信息化與基礎教育均衡發展省部共建協同創新中心”（以下簡稱中心）入選，建設周期為2020年-2023年。